Chi đoàn trường THCS Phúc Xá là lực lượng nòng cốt trong mọi hoạt động của nhà trường. Chi đoàn gồm 25 đồng chí chiếm tỉ lệ trên 50% tổng số cán bộ - giáo viên – nhân viên nhà trường. Với lòng nhiệt huyết và tinh thần xung kích của tuổi trẻ, chi đoàn đã có nhiều đóng góp quan trọng vào kết quả hoàn thành nhiệm vụ chung của nhà trường trong những năm qua, đồng thời khẳng định được vị trí, vai trò xung kích của mình trong mọi hoạt động giáo dục của nhà trường.

Đội TNTP Hồ Chí Minh trường THCS Phúc Xá dưới sự dẫn dắt của cô giáo Lê Thị Lan đã có những đóng góp tích cực trong việc thực hiện nhiệm vụ giáo dục học sinh trong nhà trường: Liên đội đã thực hiện tốt 5 chương trình công tác Đội và phong trào thiếu nhi trong nhà trường. Đẩy mạnh phong trào thi đua học tập văn hóa, rèn luyện hạnh kiểm, trau dồi nề nếp, kỹ năng ứng xử.... cho học sinh toàn trường. Từ đó giúp mỗi đội viên mỗi ngày đến trường là mỗi ngày vui.